Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programı, öğrencilerin ileri düzeyde araştırma yapabilme yetkinliğini kazanmalarını ve kendi alanlarında özgün katkılar sağlamalarını hedefleyen bir akademik programdır. Programın gereklilikleri, resmi ders yükünün tamamlanması, doktora yeterlik sınavının başarıyla geçilmesi, bir doktora tez önerisinin savunulması ve doktora tezinin başarılı bir şekilde savunulmasından oluşmaktadır. Doktora öğrencilerinin, yüksek lisans derecesi ile başvurmaları durumunda 21 kredi saatlik ders yükünü tamamlamaları, lisans derecesi ile başvurduklarında ise 42 kredi saatlik ders yükünü tamamlamaları gerekmektedir. Bu ders yükü, öğrencilerin bilgisayar mühendisliği alanındaki derinlemesine bilgi ve araştırma becerilerini geliştirmelerine olanak tanımaktadır.
Program kapsamında, tüm doktora adaylarının en az 12 kredi saatlik ders yükünü bilgisayar mühendisliği lisansüstü dersleri ile tamamlamaları zorunludur. Kalan ders yükü ise, öğrenci ve lisansüstü danışmanının onayı doğrultusunda, diğer ilgili lisansüstü programlardan seçilecek derslerle tamamlanabilir. Bu esneklik, öğrencilerin farklı disiplinlerde derinlemesine bilgi edinmelerine ve araştırmalarında daha geniş bir perspektif kazanmalarına olanak sağlar. Doktora sürecinin sonunda, öğrenciler, bilgisayar mühendisliği alanındaki güncel araştırma konularına katkı sağlamak ve kendi alanlarında liderlik yapabilecek bilgi ve becerilere sahip uzmanlar olarak mezun olacaklardır.